Expozice zaniklého cisterciáckého kláštera Pomuk vznikla na základě výsledků záchranného archeologického výzkumu obce Klášter, provedeného v letech 2002–2003. Výzkum provedl Západočeský institut pro ochranu a dokumentaci památek. V expozici je popsaná historie kláštera od svého založení, přes nejslavnější období, až po zánik v roce 1420, kdy husité areál dobyli a vypálili. V expozici je také vysvětlena výstavba kláštera a život cisterciáků, kteří se řídili heslem ORA ET LABORA (modli se a pracuj). Základem expozice jsou fragmenty ze samotného archeologického výzkumu, reliéfní obkladové desky, fiály, okenní kružby a další. Ústředním bodem celé expozice je trojrozměrný model zaniklého klášterního komplexu. Model vznikl podle vzoru, který platil pro stavbu cisterciáckých klášterů a podle výzkumu provedeného v místě archeologického naleziště. Na modelu jsou znázorněna místa, která jsou dodnes v obci Klášter k vidění. ‍

Zelená hora je významný kulturní bod celého Nepomucka. Původně zde stál opevněný kostel od 13. století, který byl po husitských válkách zahrnut do hradní architektury. Koncem 17. stol. byl přestavěn na barokní zámek. Vystřídaly se zde slavné rody, jako např. Šternberkové, Martinicové, colloredo-Mansfeldové a Aueršperkové. Po roce 1948 sloužil objekt armádě, konkrétně pomocným technickým praporům. Od roku 1992 je zámek v majetku obce Klášter a střídají se zde různí nájemci. Stavba samotná i její interiéry byly v posledních sto letech zásadně poničeny, veškeré vybavení bylo odvezeno na jiné objekty a mnohé dokumenty ztraceny. V Městském muzeu Nepomuk tak můžeme obdivovat několik výjimečných artefaktů a dobových fotografií vztahující se k historii objektu.  K vidění jsou například stolní hodiny z červeného salonku zámku či originální portrét hraběnky Marie Dominiky z Martinic, neboli „Černé paní ze Zelené Hory“. ‍

Tato část expozice představuje domácí život většiny obyvatel Nepomucka 19. a počátku 20. století. Najdeme zde krásné malované skříně, plzeňský kroj, vybavení kuchyně, či regionální skašovské hračky.

V malířově rodném domě je prezentován výbor z celoživotního díla významného umělce, zaměřujícího se na venkovskou tématiku Plzeňska. Mezi dominanty celé expozice patří kopie známé opony, kterou Augustin Němejc vymaloval pro plzeňské divadlo J. K. Tyla. Rovněž je zde vystaven nedokončený obraz pro prezidenta Masaryka, který se měl stát vrcholným dílem autora, nicméně nakonec zůstal nedokončen. Charakteristická barevnost malířovy palety nás vrátí do přelomu 19. a 20. století, do doby slovanských ideálů, žánrových výjevů z venkova a nálady společnosti před světovými válkami. V samostatné expozici, situované vedle hlavní muzejní budovy je k vidění přes 50 obrazů či kreseb. Doporučujeme se na návštěvu této části expozice telefonicky objednat, ale pokud to situace dovolí, otevřeme Vám i bez předchozí domluvy.

Tato část expozice je připomenutím tragické události a vzpomínkou na posádku sestřeleného amerického bombardéru na Dubči u Nepomuka. Ve vzdušném boji nad Nepomuckem byl 22. února 1944 sestřelen jeden z bombardérů prolétávajícího svazu amerických letounů. V troskách letounu B-24 J, zahynulo deset letců, přežil jediný, který následně padl do zajetí. K vidění jsou trosky částí letounu, dokumentace a osobní věci posádky. Expozice je koordinována i s rodinami pozůstalých v USA.

Legendární Tatrovka, traktory, míchačky, válce a další stavební a zemědělská auta prezentuje soukromá sbírka místního sběratele Jana Maška, která spolehlivě nadchne všechny generace.

Muzeum disponuje i zážitkovým dětským prostorem, kde si děti mohou kreslit, hrát na koberci, nebo si prohlížet knihu z muzejní knihovničky.